O Núcleo de Educação Permanente (NEP), vinculado ao Departamento Gestão de Regulação do Trabalho em Saúde (DGRTS), tem como finalidades a qualificação do processo de trabalho na rede municipal de saúde, por meio da educação permanente e educação continuada dos trabalhadores do SUS municipal; o fortalecimento das ações de integração ensino-serviço-comunidade, por meio de diretrizes operacionais orientadas por políticas interministeriais para o ensino em saúde, como o COAPES, e o fortalecimento e ampliação de projetos de ensino, pesquisa e extensão com vistas à qualificação da integralidade do cuidado baseado em evidências científicas.